واحد پمپ وکیوم (Vacuum Pump Unit) یک پمپ وکیوم برای تخلیه هوا از بالش وکیوم (Vacuum Pillow) به‌منظور پشتیبانی از سر بیمار در طول جلسات TMS طراحی شده است. با خروج هوا، بالش در شکل و میزان سختی انتخاب‌شده ثابت می‌ماند و زمانی‌که شیر هوا باز شود و هوا مجدداً وارد بالش گردد، بالش دوباره انعطاف‌پذیر شده و آماده شکل‌دهی مجدد خواهد بود. این واحد به‌سادگی از طریق پدال پایی (Foot Switch) کنترل می‌شود.